Un 5 de mayo de 1939 se creaba la Sub Prefectura del Puerto de Carmelo. A los 84 años de su creación la Armada Nacional saludó en redes sociales dicho acontecimiento
Un decreto del Poder Ejecutivo creó no solo la Prefectura sino la Quinta Circunscripción. La construcción del edificio llevó unos siete años de trabajo.
En 1992 alcanzó el rango de Sub Prefectura operando territorialmente desde el km. 93 hasta el 145,5 del Río de la Plata. En 1998 asumió hasta hoy el control del tráfico del Canal Martín García.